清代在台灣與澎湖的駐軍有相當比例是綠營水師，轄下有許多水師戰船，到了清代中葉綠營水師已經十分腐敗，戰船年久失修腐朽不堪，連航行安全都無法保障，經常發生海難事故並且造成大量人命損失。以下從雍正時代開始，將非戰時損失的水師船(包含被官方徵調租用的民間商船)依時間軸排列如下(本篇內容所提到的時間都是陰曆)，本資料原始出處為「明清史料戊篇」為基礎，補充部份遺漏的澎湖資料而成(後註*記號者)：
* 雍正七年(1729年)7月26日夜晚，台協水師中營的「平字14號」搭載兵丁出洋，在笨港的港口船殼被風浪打裂但未沉，淹死兵丁王輝1名。
* 同一天夜晚，台協左營的「定字14號」在鎮岸附近遇大風漂流但未沉沒，淹死兵丁5名。
* 同一天夜晚，台協左營的「波字5號」也因此漂流到鎮岸擱淺船深遭擊碎，但未有死傷。
* 同一天夜晚，台協右營的「澄字8號」同樣漂流到鎮岸，未有死傷，船隻是否沉沒不明。
* 同一天夜晚還有台協右營的「澄字16號」同樣遇風漂流到鎮岸附近，船雖然沒有撞碎但卻淹死目兵5名。
* 同一年閏七月23日晚上，澎湖水師左營的「綏字16號」遭風壓倒漂至岸山仔海濱，雖遭風未碎但淹死兵丁3名。
* 同一時間，澎湖水師右營的「寧字4號」遭風漂流龜頭海濱，淹死兵丁4名。
* 同一時間，澎湖水師右營的「寧字15號」亦遭難，但狀況不明。
以下是乾隆年間損失的水師船，依時間軸排列如下：
* 乾隆元年(1736年)11月28日夜晚，西嶼台協右營「澄字6號」趕繒船開往廈門搭載福州城的守班兵91名，在西嶼頭洋面遭遇大風，船隻在八罩水垵口觸礁船隻被擊碎而沉沒，淹死班兵36名、台協水兵3名，所有軍械裝備都沉海而損失。
* 乾隆八年(1743年)5月23日夜晚，船戶何全成的商船為水師雇用載運盔甲到福州省城修理，途中在金門外洋稷稿山遭遇大風漂流衝塔仔船被擊碎，淹死下淡水營兵丁3名。
* 乾隆八年(1743年)6月13日夜晚，台協中營「平字5號」趕繒船渡載陸兵赴廈門並配班兵來台換班，遭北風轉西南狂風，船漂流到隙仔被擊碎沉沒，班兵1名右腿受傷，器械皆損失。
* 乾隆二十二年(1757年)12月，福建水師的「綏字13號」哨船於澎湖遭風沉沒，22人死。*
* 乾隆二十三年(1758年)正月初6日夜晚，澎湖水師右營「寧字14號」雙篷船在臺灣仔運米糧由鹿耳門掛運，在東吉洋外遭遇大風至大嶼洋面被擊碎，米石兵械公文印照皆沉沒。人員損失依說未有死傷，但另有資料稱23人死。
* 乾隆二十三年(1761年)7月29日，台灣海峽澎湖水師左營戰船遭風沉沒，22人死。*
* 乾隆三十三年(1771年)6月13日，澎湖水師右營「寧字1號」馬鬃隙洋遭風沉沒，131人死、19人生還。*
* 乾隆五十一年(1786年)6月初9日夜晚，船戶杜永福的商船配載彰化縣運交羅源縣倉乾隆五十一年分兵米，途中在北椗外洋沉沒，淹死舵水家丁等26名，官穀貨物等皆漂流沉沒無存。
* 乾隆五十五年(1790年)正月18日，臺協(安平)水師右營「平字1號」哨船配載把總外委及南路營班滿喚回邵武兵丁109名，途中在澎湖東吉洋面沉沒，淹死班兵108名、水兵13名、把總外委各1名，總共123人，僅18人生還，後撈獲斷桅。
* 乾隆五十七年(1792年)6月25日，「年字5號」哨船把總管帶福寧鐘左右三營弁兵130名來台換班，在鹿耳門不遠洋面船身被擊破，淹死班兵7名、其餘135名受釘傷。
* 同年8月15日，水師左營「國字3號」哨船配載汀州班滿換回班兵，在鹿耳門外洋面沉沒，弁兵舵水92名不知生死，器械皆沉失。
* 同一日，船戶金瑞珍之商船配載督標等營班滿換回班兵，在鹿耳門外洋面沉沒，淹死7名不，其餘37名不知生死。
* 同一日，船戶陳福盛之商船城守營外委赴省請領硝黃並繳解城守營參將舊關防，頂破隙，兵丁5名不知生死，參將關防鈴記等都沉海。
* 同一日，水師左營「國字5號」哨船配載汀州營班滿換回班兵，在南路萬丹仔汛沉沒，班兵7名不知生死，器械皆沉失。
* 同年9月17日，澎湖右營「綏字18號」哨船於澎湖水道遭風沉沒，18人死。*
* 乾隆五十九年(1794年)9月29日，水師提標後營「清字4號」趕繒船裝載軍裝由大擔汛出口運赴台灣交收，在澎湖虎井外洋沉沒，目兵5人淹死、20人生還，軍裝砲械兵器都陳海損失。
* 乾隆六十年(1795年)11月23日夜晚，海壇鎮標左營「永字7號」哨船路提中營把總管帶弁兵赴臺換班，於澎湖白沙嶼外洋沉沒，死傷未詳（另有資料稱147人死、4人生還），所有器械皆沉海損失。
以下是嘉慶年間損失的水師船，依時間軸排列如下：
* 嘉慶元年(1796年)正月26日：「國字5號」哨船配載班兵渡廈門歸來在澎湖洋面沉沒，水陸官兵128人淹死，其他損失不詳。
* 嘉慶四年(1799年)9月30日申刻，水師提標前營「年字6號」哨船載回烽火營、銅山營班滿兵丁，由鹿耳門出口在馬鬃洋外洋(屬臺灣縣)沉沒，漂失水兵4人，防船砲位藥鉛等項落水。
* 嘉慶五年(1800年)3月13日，臺協水師右營「澄字4號」哨船赴廈門運載庚申年全台大餉銀兩，由鹿耳門出口，在漳浦縣轄南椗外洋沉沒，漂失水兵4人，防船砲位藥鉛等項皆沉海。
* 同年11月初2日，澎湖水師左營「綏字8號」船，護送漳州總兵並換回班滿兵丁赴廈門交卸後回澎湖，在塔嶼外洋沉沒，漂失兵丁1人，軍械沉失槓具漂沒。
* 嘉慶六年(1801年)3月18日，淡水營「波字4號」哨船管駕赴廠拆造，由八里坌出口，在淡水所屬中港外洋沉沒，漂失水兵4人，槓具漂流無蹤。
* 同年11月初9日卯刻，水師提標前營「年字5號」哨船配載韶安、烽火二營班兵82名來臺灣換防，由大膽門口放洋，在馬鬃隙沉沒，漂失水兵3人，全船目兵大辦受傷，防船砲位藥鉛等項全落水。
* 同年10月11日己刻，金門鎮標右營「固字6號」哨船渡載長福、銅山二營由廈門放洋來臺換戌在澎湖綱協外洋沉沒，弁兵18人溺死，防船班兵砲械鈴記公文等都沉海。
* 嘉慶七年(1802年)2月9日寅刻，水師提標右營「萬字6號」哨船渡載漳州、汀州營弁兵自廈門出口赴臺，於澎湖姑婆嶼外洋遭風觸礁沉沒，弁兵147人死、4人生還，所有軍械裝備鈴記公文都沉海。
* 同年8月26日夜三更，水師提標中營「海字3號」哨船渡載海壇弁兵自廈門出口來臺換戌，於鳳山縣岐後外洋沉沒，漂失班兵1人、水兵2人，其餘大半受傷，所有軍械裝備鈴記公文都沉海。
* 同年9月初3日夜晚，南澳左營「南字1號」哨船渡載南澳閩安等營班兵自廈門出口至澎湖換戌，於八罩外洋沉沒，漂沒班兵2人，其餘受傷，沉失砲械。
* 同年9月11日二更，澎湖水師右營「寧字14號」哨船由媽宮口出海駕赴臺灣廠修造，於澎湖蒔裡東鼻外洋沉沒，25人落水但生還，火藥鉛子等沉海。
* 同年10月16日二更，澎湖水師左營「綏字11號」哨船渡載閩安左營班滿弁兵自鹿耳門出口內渡歸伍，船行至虎井嶼西鼻外洋沉沒，漂失副舵工1人，防船砲械藥鉛盡行沉失。
* 嘉慶八年(1803年)6月24日夜，澎湖水師左營「澄字1號」哨船載運臺灣餉銀餉鞘47鞘自廈門開往臺灣，船行至燈火澳外洋沉沒，員弁眷口舵水兵丁一百餘人進行落水，大半溺斃，餉硝砲械盡行沉失。
* 同年6月24日夜，「金字4號」哨船載運澎湖餉銀10鞘自廈門開往臺灣，由「金字1號」哨船護航，在不明位置沉沒，17名逃生，其餘不知生死，餉硝皆沉失。
* 不明時間水師提標後營的「清字1號」趕繒船字1號」哨船配載臺營軍裝交收事竣由鹿耳門出口內渡，在不明位置沉沒，兵丁30名失蹤。
* 嘉慶十年(1805年)正月16日，船戶金捷美商船配載臺灣縣運補嘉慶九年冬季份澎湖廳倉兵米，由鹿耳門出口在重汕外洋沉沒，2名水手淹死，兵米穀石沉失。
* 同年3月11日，澎湖水師左營「綏字7號」哨船載廠造竣，承領回營時於馬沙溝外洋沉沒，1名水兵淹死，砲械藥鉛概行落水。
* 嘉慶十一年(1806年)10月23日，閩安右營「善字26號」哨船運解生息銀200兩由廈門出口赴臺，在澎湖屬虎井嶼洋面沉沒，淹壁委員水兵等5人，銀鞘砲械盡失。
* 嘉慶十二年(1807年) 7月28日，澎湖水師右營「寧字6號」哨船自媽宮港出口駕赴臺灣廠小修，於西嶼內塹東鼻頭東南勢外洋沉沒，25人溺水受困但生還，防船砲位藥鉛及各兵配帶器械皆沉沒損失。
* 嘉慶十三年(1808年)5月13日，澎湖協標右營「寧字16號」駕赴臺廠小修，在東吉嶼東洋面沉沒，兵丁22人受困但生還，防船軍火器械皆沉沒損失。
* 嘉慶十五年(1810年) 6月25日夜三更，「善字4號」與「善字27號」哨船於馬鬃隙外洋沉沒，兩船共漂失水兵 4人，防船砲位藥鉛軍裝沉沒損失。同一時間船戶杜榮華之雙桅商船自廈門渡載班兵來臺換戌，也在同樣位置先遭東北後轉西南風沉沒，船主杜榮華與水手王起等3人溺死，外委2員及兵丁98人亦溺斃。
* 嘉慶十九年(1814年) 10月初3日二更以後，船戶萬鑑的商船自廈門渡載班兵147名來臺換戌，在虎井島外洋沉沒，興化銅山南澳等弁兵44人及水手搭客9人溺斃，器械藥鉛公文等沉沒損失。
* 嘉慶二十年(1815年) 4月22日夜，澎湖左營「綏字6號」哨船搭載班滿兵丁內渡事竣配載弁兵子ˋ廈門開赴澎湖補額，於二鯤鯓外洋沉沒，漂失水兵3人其餘大半受傷，軍裝砲械皆落海。
* 同年 6月26日二更以後，台協中營「平字2號」、「平字6號」、「平字11號」三艘哨船由鹿仔港開往北洋巡緝，於彰化屬新打港外洋「平字2號」與「平字6號」兩船沉沒，漂失水兵5人及外委鄭蛟龍1員，所有砲械藥鉛鈴記委牌等都沉海，「平字11號」則船身被浪擊漏在大突溪擱淺。
(圖說) 水師提標右營「萬字6號」哨船在姑婆嶼沉沒死147人，是清代水師船海難紀錄中最大的人命損失。
以下是道光年間損失的水師船，依時間軸排列如下：
* 道光元年(1821年)12月20日，澎湖左營「綏字1號」哨船赴廈門渡載班兵，附載押硝弁兵回臺，於八罩金雞嶼外洋沉沒，漂失兵丁2人，防船砲械軍火及附載硝黃鉛子公文鈴記概行落水。。
* 道光三年(1823年)7月初8日初更時分，水師提標左營「國字1號」哨船於西吉嶼東勢外洋沉沒，漂失班兵3人，把總鈴記同防船及班兵配帶砲械公文概行落水。
* 道光四年(1824年)潤7月24日夜，水師提標前營「年字3號」哨船渡載戌兵來臺澎各營補額差竣，在魯爾門外沉汕洋面沉沒，淹斃兵丁3人、漂失7人，防船軍械皆落水。
* 同年11月以前，閩安右營「集字2號」船赴臺裝運穀石順載製竣之艋舺營砲械，於未明方位沉沒，砲械全部沉失。
* 道光六年(1826年)3月初7日，台協「善字1號」哨船赴廈門渡載班兵，在鯤鯓外洋沉沒，漂失兵丁3人，防船軍械皆沉海。
* 同年5月初3日，福寧左營「新字6號」哨船渡載邵武營兵赴臺換班，在北汕沉水外洋沉沒，漂失兵丁1人，防船軍械皆沉海。
* 同年7月22日協，臺協右營「澄字6號」哨船於鯤身外洋沉沒，淹斃及傷斃兵丁3人，防船砲械軍火皆沉海。
* 道光九年(1829年)10月15日丑亥，澎湖右營「鞏字1號」哨船在台灣廠修竣押回澎湖配緝，於東吉洋面漂至南鯤身外洋破碎沉沒，兵丁2人落海死，當時該船未裝配軍火砲械。
* 道光十三年(1833年)7月初2日，不知名商船配坐凱旋兵丁內渡，於東椗洋面沉沒，淹斃陸提外委1員、兵丁30人，器械沉失。
* 同年10月23日黎明，水提右營「集字7號」哨船護解全臺兵餉附臺交收，復赴彰化代買晉江缺穀，於彰化屬麥仔寮外洋沉沒，漂墨水兵1人，防船軍火砲械沉失。
* 道光十四年(1834年)3月16日夜三更，金門右營「湯字5號」哨船奉派渡載督營弁兵歸伍，於大山仔外洋沉沒，漂沒水兵2人，軍火器械沉失。
* 同年7月初3日，水提右營「成字7號」哨船渡載差弁領運臺營火藥硝磺，於馬鬃隙外洋沉沒，漂沒水兵1人，軍火器械沉失。
* 道光十五年(1834年)潤6月29日夜晚，臺協左營「定字2號」哨船赴廈門候載4起班兵，於馬鬃隙外洋沉沒，漂沒水兵1人，軍裝砲械沉失。
* 道光十八年(1838年)4月28日夜，「集字5號」與「鎮字16號」哨船來臺換載班兵回廈門，於馬鬃隙沉沒，漂失水兵2人，防船軍火落海。
* 同一年7月14日夜四更，艋舺營「順字13號」與「鎮字16號」哨船在臺廠修竣操駕回營，未配戴軍械自安平出口，分別於二鯤鯓外洋與鹿耳門外洋馬鬃隙沉沒，各漂失兵丁1人。(註1)
* 光緒二年(1876年)4月15日，水師提標前營「台字1號」銅底戰船於澎湖海面洋被擊碎。*
清代水師船大部份沉沒於澎湖海域，因為這裡是水師船來往台灣與大陸的必經之地，沉沒的原因主要是遭遇大風，早年科技不發達，出航時無法掌握氣象，一遇上颱風往往同時損失好幾艘船。水師船的沉沒常造成大量人命損失，因為許多是班兵換戌調動的運輸船，還有許多船是裝載餉銀，所以澎湖海底有大量的銀兩，早年澎湖的漁民經常打撈，這是當地的秘密，也產生許多想像空間。
從上述沉沒的船名可以累積出清代水師船命名的規律，譬如臺灣水師營轄下的水師船以「澄字」、「平字」、「定字」、「方字」、「善字」 來命名。澎湖水師營轄下的水師船以「綏字」、「寧字」、「鞏字」來命名。淡水、艋舺水師營轄下的水師船以「金字」、「湯字」來命名。福建水師營轄下的水師船則以「清字」、「瀾字」來命名等。
以上的紀錄絕對非清代水師海難的全部，因為更多事故常以「覆舟無數」一筆帶過，或未沉、或資料不明(譬如只有事故但無船名者)，如果再加上幾場大海戰沉沒的船就更不得了了。不過就算能將以上所列少數案例的水下文資與船史研究清楚，也可算是了不起的成就。
(註1) 黃典權，〈臺灣海峽沈船事件之記錄〉《台南文化，季刊第5卷第2期》，(台南: 台南市文獻委員會，1956)，頁78-85。
