1895年日本接收臺灣後更名「安平稅關」,後因舊運河泥沙汙積,西元1922年起挖鑿新運河,1926年4月25日新運河通航,安平稅關也配合遷移至新址,稱為「稅關安平支署」,即今日盛為保護建築「臺南運河海關」的位址。